Au début des années 2000, c'est dans le climat d'un malaise général de l'école (la grève des enseignants au printemps) que resurgissent les affaires de voile. Des jeunes filles musulmanes qui refusent de l'ôter pendant les cours sont exclues ou menacées de l'être, et ces décisions, largement commentées dans les médias, divisent la société.
En pleine polémique, le président de la République décide en juillet 2003 la formation d'une commission de réflexion sur l'application du principe de laïcité dans la République, dont la direction est confiée à Bernard Stasi, médiateur de la République depuis 1998. Jacques Chirac déclare en attendre « des propositions concrètes » et en tirera « toutes les conséquences, en ayant recours, s'il le faut, à la loi ».
Ce rapport, publié le 11 décembre 2003, et aujourd'hui publié à La Documentation française, constitue un document dense, qui offre une explicitation officielle du principe de laïcité (principe constitutionnel depuis 1946) telle qu'elle doit être conçue aujourd'hui.

Pour Jean-Pierre Willaime, l'image d'une « laïcité apaisée » apparaît dans la présentation générale, lorsqu'il s'agit d'en rappeler les grands principes (liberté de conscience, respect de la diversité des croyances et des cultes, égalité entre les hommes et les femmes...) mais laisse peu à peu la place à l'image d'une « laïcité assiégée ».
« On tourne autour d'une formidable question identitaire », a souligné P. Rolland, qui conduit à percevoir l'islam comme une menace. Et J.-C. Vatin de juger les conclusions du rapport « timides, frileuses, défensives, venant au secours d'un sanctuaire républicain considéré comme un bastion à défendre ».

La société est en effet confrontée, par le problème du voile, à la problématique plus générale du multiculturalisme, mais encore à une « menace islamique » mondiale.
Avec le recul, on mesure à quel point les travaux de la commission, loin d’être une avancée dans la nécessaire réflexion sur la laïcité, n’ont été qu’un