La réflexion philosophique entretient de nombreux rapports avec les différentes pensées religieuses. Les philosophes, selon leurs présupposés méthodologiques ou personnels, ont été amenés à soutenir des positions allant de l’adhésion à une religion, comme Malebranche, au rejet de toute forme de croyance, comme ce fut le cas du baron d'Holbach. Un certain nombre de domaines sur lesquels la philosophie travaille font aussi partie du champ religieux, comme l’éthique ou la métaphysique, ce qui a posé des problèmes de cohabitation, en particulier dans l’Europe catholique de la Renaissance.

Le point de désaccord entre la philosophie et la religion est principalement celui du statut de la vérité : elle est l’objet d’une recherche purement rationnelle pour le philosophe tandis que le croyant pense que la vérité se transmet, et qu’elle a été, tout au moins en partie, révélée, et qu’on peut la trouver dans les textes sacrés qu’il reconnaît. Ce qui n’empêche pas le croyant de se livrer à une réflexion utilisant les concepts des philosophes, la théologie chrétienne étant née de la rencontre du christianisme naissant et des concepts des philosophes grecs et romains. Malgré cette dichotomie, pendant tout le Moyen Âge européen, il n’y a eu de philosophie que chrétienne. Est-ce à dire que la théologie et la philosophie sont solubles l’une dans l’autre ? Assurément non. Mais comme la philosophie peut s’intéresser à des problèmes religieux, la religion peut s’intéresser à des problèmes proprement philosophiques, comme le rapport du langage à la réalité et la possibilité de la connaissance humaine. La philosophie restera d’ailleurs longtemps tributaire de la manière dont les théologiens ont posé les questions avant qu’elle ne retrouve une certaine autonomie. On notera donc l’importance pour la philosophie d’auteurs comme Anselme de Cantorbery, Duns Scot, Guillaume d'Occam ou Thomas d'Aquin.

Par ailleurs, certains courants philosophiques ont eu tendance à vouloir remplacer le