D'emblée, on peut affirmer que la HCC est à l'origine des problèmes politico-constitutionnelle que Madagascar connaît actuellement. Il y a au sein de cette institution certains membres, au nombre de trois, quasiment inamovibles qui y siègent depuis 1992, parmi eux l'actuel Président.

En effet, le renversement du Président Zafy Albert a été le fruit d'un complot bien organisé destiné à porter au pouvoir M. Ratsirahonana qui, rappelons-le, était l'ancien Président même de la Haute institution.

En 2001-2002, ce sont ces hauts responsables eux-mêmes qui avaient organisé les fraudes électorales à l'origine de la crise opposant les Présidents Ratsiraka et Ravalomanana.

Ensuite, ces hauts magistrats, sous la conduite de l'actuel Président, ont procédé à la proclamation des résultats et à l'investiture du Président Ravalomanana, le 22/02/2002. Après quoi, M. Rajaonarivony est devenu Président de la HCC.

Lors des législatives de 2006, la HCC avait ordonné la tenue de nouveaux scrutins, dans des conditions assez floues, dans les circonscriptions de Mananara-Nord et Maintirano car Zakahely Boniface et Voninahitsy Jean-Eugène l'avaient « dérangé ». Les résultats du premier scrutin furent confirmés.

La HCC provoque le désordre, elle ne fait que diviser et attiser la haine entre les Malagasy.

Le 17 mars 2009, vers 19h, deux des hauts magistrats cités plus haut se rendent au domicile de Andry Rajoelina. Dès le lendemain, ils sortent l’Arrêt qui accorde les pleins pouvoirs à ce dernier en tant que Chef de la Transition et ce, au mépris de la loi qui permet à la HCC de disposer d'un certain délai pour analyser la situation avant de prendre une décision définitive.

De plus, la HCC, en parfaite connaissance de cause, a délibérément accepté qu'un non-élu, Andry Rajoelina, porte l'écharpe du pouvoir suprême et prête serment.

Lorsque Andry Rajoelina dissout les deux chambres élues du Parlement (Assemblée Nationale et Sénat), la HCC n'a pas cherché à l’empêcher.