* 5. b. Principe
Une puce est une plaque d’environ 6 cm sur 3 cm sur laquelle sont fixés des brins monocaténaire d’ADN. Sur une puce, on peut y trouver plusieurs dizaines des milliers de fragments d’ADN.
Des robots spotteurs avec leurs innombrables pointes déposent des micro gouttelettes d’une solution d’ADN à des positions spécifiques de la puce. Une fois séché et traité, l’ADN se fixe sur la puce (A).
Les ARNm sont extraits de la cellule dont on veut déterminer l’expression du gène. Cette ARNm va être par après transformer en ADN complémentaire par rétrotranscription et ceux-ci seront par après marquer d’un colorant la Cyanine 3 (fluochrome vert) ou la Cyanine 5 (fluorochrome rouge).
Le mélange témoin marqué et traité marqué est versé sur la puce. On y incorpore ensuite les ADNc dans la puce renfermant le mélange témoin, en même temps que l’ADNc étalon. Chaque brin d'ADNc va s'hybrider au brin monocaténaire d'ADN qui lui est complémentaire pour former un double brin. La plaque est ensuite nettoyée par des bains spécifiques pour éliminer les brins d'ADNc ne s'étant pas hybridés car non complémentaires de ceux fixés sur la lame (B).
L’ADN est ensuite scannée au laser et une image de la puce est créée : chaque fois qu'il y a eu hybridation, le fluorochrome fixé sur l'ARNm va être excité et va donc émettre une couleur fluorescente et cela est d’ailleurs visible visible par un point de couleur présent sur la puce (rouge pour des fluorochromes émettant dans le rouge...). On compare ensuite l’intensité du signal entre le vert et le rouge. En fonction du signal, il y aura plus ou moins de pixels pour chaque point de la puce. A chaque point de la puce, on donne une valeur d’intensité normalisée par rapport à l’ADN étalon . (C).
Les donnée sont ensuite analysées et interprétées (D).
On peut par exemple marquer l’ADN complémentaire du malade en vert et celui du traité en rouge et bien sûr inversement. Ce marquage s’effectue grâce à une enzyme la polymérase T7