Dès la fin du VIe siècle, les pouvoirs de l'empereur, qui siégeait à Nara, puis à Kyoto, furent limités par le développement de la féodalité: un ou plusieurs chefs militaires détenaient la réalité du pouvoir et leur autorité était déléguée en province à des gouverneurs, les daimyô. Jusqu'au XVIe siècle, plusieurs familles se partagèrent ainsi le pouvoir: les Fujiwara, les Taira et les Minamoto.
En 1600, le daimyô d'Edo (aujourd'hui Tokyo), Tokugawa Ieyasu (1543-1616), défit tous ses opposants à la bataille de Sekigahara et pris pour lui seul le titre de shogun (général en chef). Il unifia le Japon sur lequel sa famille maintiendra sa domination jusqu'en 1868, l'empereur ne conservant uniquement ses fonctions spirituelles de grand prêtre du shintô (religion indigène du Japon de type chamanique, vénérant les forces de la nature).
La dictature des Tokugawa fut marquée par la stabilité du régime pendant deux siècles et demi: gouvernement fort et centralisé à Edo, hiérarchie sociale très rigide, fermeture du Japon aux influences extérieures et la bourgeoisie commerçante prospérant, l'art se développa en se dégageant de l'influence chinoise.
Au XIXe siècle, cet isolationnisme se heurta à la pression grandissante des Etats-Unis et des pays européens, soucieux d'ouvrir le Japon à leur commerce. En 1854, le commodore américain Perry, commandant une escadre de la marine de guerre, fit ouvrir sous la menace deux ports japonais (Shimoda et Hakodate). En quelques années, le Japon se trouva ouvert à tous les pays étrangers et l'empereur Mutsuhito (1867-1912) prit la tête d'un mouvement national qui obligea le dernier shogun, Tokugawa Yoshinobu (1837-1913), à se retirer le 9 novembre 1867. La monarchie fut rétablie, et la capitale Edo, rebaptisée Tokyo.
A partir de 1868, l'ère Meiji (ère des lumières) mit un terme à l'ère Edo en abolissant la féodalité, à laquelle succéda un Etat centralisateur, gouverné par une monarchie constitutionnelle, qui ouvrit le Japon au monde