D'après Giorgio Vasari, Raphaël aurait été initié dans l'atelier de son père où il apprend les bases techniques de ce qui va devenir son art. Son père meurt cependant en 1494, trois ans après son épouse. Raphaël, âgé alors de onze ans, se retrouve orphelin. Des incertitudes subsistent quant au lieu où Raphaël termine sa formation. Des sources attestent qu'il séjourne à Urbino jusqu'en 14991.

En 1500, à dix-sept ans, il quitte sa ville natale et part pour Pérouse en Ombrie auprès du Pérugin, chez qui, il n'est sans doute plus considéré comme un apprenti. Cette même année, il est cité en qualité de « magister » pour la réalisation du retable « le Couronnement du bienheureux Nicolas de Tolentino », moine de l'Ordre des Ermites de Saint Augustin, canonisé en 1406, pour l'église Sant'Agostino de Città di Castello. Il exécute ce tableau avec l'aide d'Evangelista da Pian di Meleto, ancien assistant de son père. Raphaël n’est ainsi plus disciple d’un autre maître, mais maître lui-même. Cela lui confère le droit d'avoir un atelier, des aides et des élèves. L'œuvre sera endommagée lors d'un tremblement de terre en 17891.

Dans les œuvres de 1502-1503, on retrouve le style du Pérugin notamment dans la Crucifixion réalisée pour l'église San Domenico de Città di Castello et exposée à la National Gallery de Londres1. Il réalise aussi La Madone à l'enfant N 2 dont les commanditaires sont inconnus, ceux-ci devaient demander qu'il imite un artiste confirmé ; ainsi, en 1503, il réalise un Couronnement de la Vierge s'inspirant du Couronnement de Narni (it) de Ghirlandaio 2.

En 1504, il réalise, avant de quitter Pérouse et alors qu'il est encore dans l'atelier du Pérugin, Le Mariage de la Vierge (le Sposalizio en italien), un tableau pour la chapelle Albizzini dans l'église San Francesco à Città di Castello. La commande a sans doute été passée en référence au Mariage de la Vierge réalisé par son maître et destiné au Duomo di San LorenzoN