En 1481, Martin Eder n'a que 12 ans quand il entre au collège Saint-Jean de Nantes pour y préparer une licence en arts. Tous les autres étudiants ont au moins quatre ans de plus que lui. D'emblée, Martin est béjaunisé, c'est-à-dire bizuté par les plus grands. Certains n'hésitant pas à le pousser dans les escaliers, à l'humilier ouvertement. Martin vit les premiers jours d'étude très difficilement. Et puis, Martin apprend à s'affirmer, à durcir son caractère.
Il lui arrive secrètement de souhaiter la mort de ses persécuteurs... et bizarrement, l'un d'eux est retrouvé assassiné le lendemain... Martin découvre l'histoire du fantôme de maître Guillemin qui hanterait soit-disant les murs du collège.

À Nantes au xve siècle, Martin, garçon de douze ans, est orphelin. Il a été recueilli par l'hospice des enfants trouvés et a été élevé par Marie, qui l'a traité comme son fils. Il parle couramment le latin et le grec, il se rend aussi très souvent à la chapelle pour parler à Dieu. À douze ans Martin sait déjà beaucoup de choses. Il doit passer le bac. Les autres l'appellent béjaune (nigaud) car ils ont tous plus de 15 ans (âge légal pour le bac). Trois étudiants non boursiers sont tués et on accuse le fantôme de maître Guillemin car il avait fait son don pour les enfants pauvres. À la fin du livre, Martin apprend que l'assassin est son confesseur, frère Eon, dans le but de sauver les âmes de ses victimes (ses victimes allaient disséquer des corps humains pour leurs études en médecines, mais frère Eon, étant très chrétien, était totalement contre). Son assistant, frère Clément, le tue en voulant protéger frère Eon car ce dernier ne devait surtout pas être découvert, et était trop vieux pour continuer de vivre.