Il rentre discrètement en France le 23 août 1799 à bord de la frégate La Muiron, abandonnant au général Kléber une armée diminuée et malade. Il débarque à Saint-Raphaël le 9 octobre 1799 après avoir miraculeusement échappé aux escadres britanniques pendant les 47 jours de la traversée. Sur le chemin qui le mène à Paris, il est acclamé par la population. Jean-Baptiste Kléber se révèle un excellent administrateur et le 20 mars 1800, réalise l’exploit de vaincre les Turcs à la bataille d’Héliopolis. Cette victoire permet à la France de conserver l’Égypte, mais Kléber meurt assassiné, le 14 juin 1800 au Caire, le jour où Napoléon gagne de justesse la bataille de Marengo en Italie, grâce à la charge héroïque de Desaix, qui est tué lors de l’assaut, trépassant ainsi le même jour que Kléber.

Le successeur de Kléber, le général Menou, capitule le 31 août 1801 devant les forces turco-britanniques après avoir perdu 13 500 hommes, principalement victimes des épidémies au cours des négociations de paix. Les soldats français restants sont rapatriés sur les vaisseaux britanniques vers la France.
Arrivé dans la capitale, le général s’entretient avec Talleyrand, homme politique d’expérience et fin connaisseur des forces en jeu. Le schéma du coup d’État du 18 brumaire (9 novembre 1799) prévoit les opérations suivantes : Bonaparte aura le commandement en chef de l’armée pour le maintien de l’ordre dans Paris et dans les assemblées. On envisage de déplacer les assemblées au château de Saint-Cloud sous le prétexte d’un péril jacobin. En effet, depuis 1789, les assemblées se trouvent toujours sous la menace de la population parisienne.

L'essentiel des événements se déroule le 19 brumaire à Saint-Cloud. Les révisionnistes avaient envisagé une démission collective des cinq directeurs, mais les assemblées ont du retard car cette idée ne fait pas l’unanimité ; Bonaparte s’impatiente et décide d’intervenir. Il tient un discours maladroit devant le Conseil des Cinq-Cents, discours hué