Paradoxe : diversité du monde vivant ms profonde unité qui traduit une origine commune (cellules, ADN, même plan d’organisation : axe antéro-postérieur, dorso-ventral et gauche-droite) > espèces apparentées.

I. L’établissement des parentés chez les vertébrés actuels :

I.1 L’identification de caractères homologues

( On ne peut comparer que des structures homologues (= qui ont le même plan d’organisation, les mêmes relations avec les structures voisines et la même origine embryologique ms pas forcément la même fonction) > héritées d’un ancêtre commun. On parle d’analogie pour des structures qui ne sont pas héritées d’un ancêtre commun..
( Recherche des liens de parenté à l’échelle embryo., anato., et moléculaire (gènes homologues dérivant d’un gène ancestral par mutation).

I.2. L’état d’un caractère

( 2 états : caractère ancestral et caractère dérivé
( polarisation des caractères = identification des états ancestraux et dérivés.

L’arbre phylogénétique

( Établir une phylogénie, c’est faire un arbre qui part des caractères ancestraux et qui précise les caractères dérivés et les espèces qui les partagent. Nœud de l’arbre = ancêtre commun hypothétique.
( Arbre = ensemble d’hypothèses : cladogramme, UPGMA (proportionnel)
( On choisit l’arbre le + parcimonieux (qui exige le – d’innovations)

II. La confrontation d’arbres parfois contradictoires :
II.1. Classification traditionnelle et classification phylogénétique

( classification trad. : parentés établie sans polarisation et sur des similitudes globales (pas forcément des homologies).
( classification phylo. : la totalité des descendants connus sont regroupés sous un même ancêtre hypothétique > groupe monophylitique (qui partage le même caractère dérivé) ou taxon (qui partage les mêmes caractères dérivés).

II.2. La prise en compte d’un nombre élevé de caractères

( Plus le nombre de caractères utilisés est élevé, plus l’arbre se rapproche de la parenté réelle entre les groupes.