Après avoir passé plus de trois ans comme otage à la cour, il profite des troubles de la cinquième guerre de religion pour s'enfuir, le 5 février 1576. Ayant rejoint ses partisans, il renoue sans éclat avec le protestantisme, en abjurant le catholicisme le 13 juin26. Il soutient naturellement la cause des Malcontents (association de catholiques et de protestants modérés contre le gouvernement), mais animé d’un esprit modéré, il ne s’entend pas avec son cousin le prince de Condé qui, d’un tempérament opposé, se bat avec zèle pour le triomphe de la foi protestante27. Henri de Navarre entend ménager la cour de France et s'assurer en Guyenne la fonction de gouverneur (représentant administratif et militaire du roi). En 1577, il participe timidement à la sixième guerre de religion menée par son cousin28.
Henri est désormais confronté à la méfiance des protestants qui lui reprochent son manque de sincérité religieuse. Il se tient à l’écart du Béarn qui est fermement tenu par les calvinistes29. Henri est plus encore confronté à l’hostilité des catholiques. En décembre 1576, il manque de mourir dans un piège organisé dans la cité d’Eauze et Bordeaux, capitale de son gouvernement, refuse de lui ouvrir ses portes30. Henri s’installe alors le long de la Garonne à Lectoure et à Agen qui a l’avantage d’être situé non loin de son château de Nérac. Sa cour est composée de gentilshommes appartenant aux deux religions. Ses conseillers sont essentiellement protestants, tels Duplessis-Mornay et Jean de Lacvivier.

Lettre autographe de Henri de Navarre écrite à Mont-de-Marsan le 10 octobre 1585. Archives nationales. AE/II/727
D’octobre 1578 à mai 1579, la reine mère Catherine de Médicis lui rend visite pour achever la pacification du royaume. Espérant le maintenir plus facilement en obéissance, elle lui ramène son épouse Marguerite.
Pendant plusieurs mois, le couple Navarre mène grand train au château de Nérac. La cour s’amuse notamment en partie de chasse, de jeu et de danse,