Rome va revenir faire la guerre en Gaule, durant la guerre civile. Il s'agit cette fois de la fidèle alliée, Massalia (actuellement Marseille) qui a pris partie pour Pompée. En effet, cette cité lui doit beaucoup de faveurs et en particulier un accroissement significatif de territoire au moment de la guerre de Sertorius. L'oligarchie qui y domine est en union étroite avec celle de Rome et entretient avec elle des relations suivies. Tandis que Jules César lutte contre les armées de Pompée, Massalia qui vient de recevoir Domitius, un des lieutenants pompéiens et sept galères, lui ferme ses portes. En outre, Massalia appelle à son secours les Albiques ou Albices, des Gaulois habitant le Nord-Lubéron. Pendant que César négocie avec des notables marseillais, Domitius prend le contrôle de la cité et entreprend de réparer les navires pour armer dix-sept galères. Jules César vient avec trois légions investir Massalia, élève des tours et des mantelets et fait armer douze galères à Arles. Massalia continue a emmagasiner du blé et tout ce qui est nécessaire pour soutenir un siège.

Première bataille navale : Iles du Frioul mai-juin - 49

Un mois plus tard, les galères d'Arles sont livrées, Jules César doit partir en Hispanie poursuivre la guerre civile, il laisse Brutus commander la flotte et Caïus Trebonius poursuivre le siège. La flotte césarienne est basée près d'une île proche de Massalia. Dès que la flotte pompéienne est prête, les Massaliotes ajoutent aux dix-sept galères beaucoup de barques pourvues d'archers et de combattants albiques et Domitius fait monter sur d'autres navires des pâtres qu'il a amené d'Italie. Et cette flotte vient attaquer Brutus. Mais Jules César a prévu pour cette flotte, l'élite de ses légions et des centurions volontaires.

Les navires césariens sont moins bien pilotés et faits de bois vert, ils évoluent plus lentement. Les Marseillais enveloppent la flotte ennemie et attaquent les galères, chacune étant assaillie par plusieurs navires