Depuis 1970, Le Chili est dirigé par le président socialiste Salvador Allende et le gouvernement de gauche issu de l'Unidad Popular.
En 1973, Gonzalo Infante, enfant de onze ans issu des beaux quartiers de Santiago du Chili, étudie au collège catholique de Saint-Patrick sous la tutelle du père Mc Enroe. Ce dernier lance une expérience : intégrer des enfants issus des bidonvilles voisins parmi les élèves issus de milieux nettement plus favorisés. Il pense, de cette façon, encourager le respect, la tolérance et le partage du savoir. Or Gonzalo, bon élève, est régulièrement brimé et mis à l'écart par ses condisciples.
Gonzalo se lie d'amitié avec l'un des nouveaux, Pedro Machuca. À son contact, il va découvrir les profondes inégalités du pays, une autre manière de vivre, dure mais chaleureuse. Il rencontre la mère de Machuca qui ne cesse de travailler, le père de Pedro alcoolique la jeune voisine Silvana, qui n'a pas froid aux yeux. En aidant à vendre des drapeaux, il se rendra compte des fortes tensions qui existent entre les différents classes sociales. Nous sommes à la veille du coup d'État et les efforts des classes possédantes pour déstabiliser le régime en place sont palpables. Machuca pénètre dans l'univers bourgeois de Gonzalo : là non plus rien n'est facile. Le père de Gonzalo, mollement favorable à l'Unidad Popular, est sur le point de partir ; sa mère, sympathisante de la droite, a un amant ; sa sœur a un petit-ami maniaque des arts martiaux et ouvertement d'extrême-droite. Silvana initie Gonzalo et Pedro au bonheur des premiers baisers...
Le 11 septembre 1973, après un ultime discours où il marque sa profonde déception, le président Salvador Allende se suicide dans le palais présidentiel pour ne pas tomber aux mains des militaires. Augusto Pinochet, arrivé au pouvoir, lance l'armée dans la répression aveugle et sanglante de toute forme d'opposition. L'amitié qui liait Gonzalo à Pedro Machuca ne va pas résister à cette violence... Le coup d'État remet