• Les flux de matières premières
Les matières premières du Sahara doivent être transportées pour être transformées et utilisées ou exportées. La population présente sur les lieux d'extraction est en effet très réduite. Le nord du désert, en Algérie et en Libye, est donc traversé par des gazoducs pour transporter le gaz naturel et des oléoducs pour transporter le pétrole. Ils aboutissent à de grands ports méthaniers ou pétroliers, comme Arzew ou Skikda en Algérie et Syrte en Libye. La Tunisie a également développé ces infrastructures pour les quelques gisements qu'elle possède dans le sud de son territoire. L'exploitation des ressources en eau nécessite aussi des infrastructures importantes. (Canalisation d'eau en Libye) Le pompage des nappes fossiles revient cher, mais a été mis en œuvre de façon massive en Libye, grâce aux revenus des hydrocarbures.

• Les flux humains
Le désert est parcouru par des flux humains. La plupart de ces flux traversent le désert sans l'avoir pour origine ni comme destination. Outre les migrations des Touaregs, il s'agit pour l'essentiel de migrants clandestins d'Afrique subsaharienne cherchant à gagner les pays du Maghreb. La plupart d'entre eux cherchent ensuite à gagner l'Europe en traversant la Méditerranée. Les flux touristiques se développent également sous formes de randonnées et de découverte des déserts, mais les révolutions arabes de 2011 et la recrudescence des actes terroristes ont enrayé sa progression.

• Les flux de marchandises
Comme les flux humains, les flux de marchandises sont pour la plupart clandestins et composés de contrebandes en tout genre, depuis les cigarettes jusqu'aux armes, en passant par les trafics de stupéfiants. La région est en effet difficilement contrôlable.