Saphir Taïder commence le football à 6 ans au Castres FC puis rejoint l'US Albi avant d'intégrer le centre de formation du Grenoble Foot 38. Il fait ses débuts professionnels en mai 2010 à l’âge de 18 ans avec l’équipe française de Grenoble. Après la descente en 5e division de ce même club à cause de problèmes financiers, il quitte l'Isère pour défendre les couleurs de Bologne.

Grenoble
Saphir fait ses débuts professionnels avec Grenoble[2], le 15 mai 2010 dans un match de championnat contre l'Olympique de Marseille. Le 5 juillet 2010, il signe un contrat de trois ans avec Grenoble. Il participe à la relégation en National du Grenoble Foot 38 lors de la saison 2010-2011 (27 matchs, 1 but). Mais, à cause de problèmes financiers, le Grenoble Foot 38 doit jouer en CFA 2 lors de la saison 2011-2012. Taïder, qui ne veut pas jouer en 5ème division[3], signe alors en faveur du Bologne FC.

Bologne
Le 4 juillet 2011, il signe en faveur du Bologne FC. Son premier match sous les couleurs de Bologne se déroule en novembre 2011 en Coupe d'Italie face au FC Crotone. Son premier match en Serie A a lieu le 11 décembre 2011 face à l'AC Milan 2-2.

À l'issue de la rencontre de la 18e journée de la saison 2011-2012, contre le SSC Napoli dans l’ambiance hostile du stade San Paolo, il est élu homme du match[1],[4],[5].

Inter Milan
Le 20 août 2013, il signe un contrat de quatre ans avec l'Inter Milan.

Le club lombard devrait débourser 5,5 millions d'euros plus le prêt avec option d'achat du jeune uruguayen Diego Laxalt, pour le rachat de la copropriété de l'ancien milieu de terrain du FC Bologne[6].

Southampton
Le 6 août 2014, il est prêté pour une saison avec option d'achat (9 millions d'euros) à Southampton FC (Premier League)[7]. Le 1er septembre 2014, Southampton FC met fin au prêt, estimant que le joueur n'est «pas au