Satoru Iwata nait le 6 décembre 1959 à Sapporo dans la préfecture de Hokkaidō au Japon. Il démontre très tôt sa passion pour la création de jeux vidéo. Originaire d'un environnement propice à la programmation, il produit des jeux électroniques chez lui durant sa scolarité. Iwata partage avec ses camarades de classes les quelques jeux de chiffres qu'il programme avec une calculatrice électronique.
Après le lycée, Iwata est admis à la prestigieuse Université de Technologie de Tōkyō, où il est major en informatique. Un tel environnement permet à sa passion pour les jeux vidéo d'être reconnue et ainsi, il est embauché à temps partiel en tant que programmeur de jeux à HAL Laboratory, une filiale de Nintendo, tandis qu'il poursuit ses études jusqu'à obtenir son diplôme.
En 1982, après avoir réussi à l'Université, Iwata est recruté à plein temps par HAL Laboratory. Il devient le coordinateur de la production software en 1983. Il participe au développement de jeux tels que Balloon Fight, EarthBound, et les jeux Kirby. Enfin, Iwata est promu Président de HAL Laboratory en 1993.

Satoru Iwata présentant la Wii à l'E3 2005.
En 2000, Iwata prend place à Nintendo en tant que Chef de sa division de planification d'entreprise. Quand Hiroshi Yamauchi, le président de la compagnie depuis 1949, prend sa retraite en mai 2002, Iwata lui succède en tant que quatrième président et le premier sans lien de parenté avec la famille Yamauchi. Contrairement à son prédécesseur, qui régnait seul sur la firme, Satoru Iwata est accompagné d'un conseil exécutif de six membres.
Un des projets d'Iwata est la Wii. Il commente la Wii dans sa section sur le site de Nintendo, « Iwata asks » (Iwata demande) en français.
C'est lors de la conférence E3 2010 de Nintendo qu'il a lui-même dévoilé la Nintendo