Etzer Vilaire est le fils de Jean-Baptiste Joseph Vilaire et d'Eugénie Clérié. Il naît le 7 avril 1872 sous le ciel enchanteur de la ville de Jérémie (Haïti), la cité des poètes qui sera le cadre principal de ses sources d'inspiration. Enfant maladif et d'une grande sensibilité, il restera accroché à l'ombre de sa mère qui l'aime, le comble d'affections et lui procure les soins que réclame sa santé pour traverser la période de la jeunesse.
L'enfant n'aura pourtant pas à s'éloigner de la maison familiale pour aller suivre les cours de ses études primaires. Son père tient une petite école que fréquentent les enfants de ceux du protestantisme jérémien. Comme professeur, Jean-Baptiste Joseph Vilaire emploie, pour l'assister, un français défroqué: Léon Pons. Ce dernier connaît et enseigne bien la grammaire française.
Le père d'Etzer Vilaire est par ailleurs un homme actif. Il garde plusieurs fers au feu. Avocat, il est juge au tribunal de Jérémie, une position qui ne l'empêche pas d'enseigner à son école ni de prêter sa voix à la politique. Sous le gouvernement de Salomon (1879-88), il fait partie de l'opposition.
Après les classes primaires, Etzer Vilaire se rend à Port-au-Prince pour la poursuite de ses études. Il est admis en 4ème au Petit Séminaire Collège Saint-Martial. Mais, loin de sa mère, sa santé se détériore et il doit retourner au bercail. C'est alors que ses lectures et ses études d'autodidacte lui font découvrir les inépuisables profondeurs de la philosophie. Son grand-père, Alain Clérié, est d'ailleurs un pasteur de la religion protestante dont les sermons philosophiquement superbes attirent des quantités de fidèles. Le petit-fils écoute souvent le grand-père, avec admiration. Par la suite, le jeune Vilaire deviendra professeur de français.
Toute sa vie, Etzer Vilaire a été pris par la question de la profondeur philosophique. Le printemps de son œuvre est pavé de textes nourris de cette