Depuis le début des années 1990, la guerre civile fait rage en Somalie. Ce pays de la corne de l'Afrique, qui a sombré dans l'anarchie et le chaos, est exsangue, sa situation humanitaire et sanitaire est catastrophique. Tombée aux mains du mouvement Al-Chabab qui prône un fondamentalisme religieux des plus rigoureux, la Somalie est devenu le foyer principal du terrorisme en Afrique. Les insurgés islamistes mènent une guerre sans merci contre le gouvernement de transition mis en place en 2004. Ils occupent la majeure partie du pays et contrôlent presque tous les quartiers de Mogadiscio. La population désemparée fuit la capitale. Le Kenya, pays voisin, a décidé depuis 2007 de renforcer sa frontière car ses capacités d'accueil sont saturées.

En dix-sept ans, la guerre civile en Somalie a fait plus de 300 000 victimes. Le conflit a également des conséquences en haute mer, où les attaques des pirates somaliens sont devenues incontrôlables dans les eaux internationales.
Depuis la chute du gouvernement de Siad Barre en 1991, la Somalie est en proie au désordre politique, économique et social. Durant ces 18 années, des groupes islamistes ont fait leur apparition et se sont rassemblés au sein de l’Union des tribunaux islamiques. Formée d’anciens chefs militaires, constamment en désaccord, cette Union s’oppose au gouvernement somalien. Considérés par Washington comme une menace terroriste, les islamistes bénéficient de soutien auprès de la population somalienne, en raison de leur efficacité dans le maintien de l’ordre. Des diplomates mettent en garde contre la présence dans le pays d’activistes extrémistes, comme des membres d’Al-Qaïda. Craignant une contagion de l’islam fondamentaliste dans la Corne de l’Afrique, l’armée éthiopienne est venue à la rescousse du gouvernement somalien en 2007. En mars de cette année, l’Union africaine (UA) a également envoyé des troupes en Somalie pour rétablir l’ordre et la paix. Elu le 31 janvier 2009, le président Cheikh Charif Ahmed