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Entraîné par le Québécois Lucien Laurin, monté par Paul Feliciano sous les couleurs de The Meadow, Secretariat fait ses débuts sur l'hippodrome d'Aqueduct, dans le Queens, en juillet 1972. Il termine 4e, mais commence à faire parler de lui dès la sortie suivante. Il enchaîne alors cinq victoires d'affilée, grimpant très vite les échelons qui le mènent au sommet de sa génération. Les Sanford Stakes (groupe 2) tombent dans son escarcelle, puis les Hopeful Stakes (premier groupe 1 de la saison pour les 2 ans, qu'il gagne de 5 longueurs) et les Futurity Stakes. Dans les Champagne Stakes, il s'impose encore, mais gêne son dauphin, Stop the Music, au profit duquel il est rétrogradé à la seconde place. Il remet les pendules à l'heure dès sa sortie suivante, dans les Laurel Futurity Stakes, où il inflige 8 longueurs à son malheureux rival. Une dernière victoire dans les Garden State Futurity Stakes, et il en termine de sa première campagne avec un bilan de 7 victoires en 9 courses, et surtout un titre de cheval de l'année aux États-Unis, fait rarissime pour un 2 ans, puisqu'on ne relève que sept cas similaires depuis 1897 et la création de cette distinction.
À 3 ans
La triple couronne
En 1973, Secretariat est bien sûr le grand favori de la triple couronne. Il entame sa préparation par deux victoires, et s'offre le record de la piste d'Aqueduct en parcourant le mile en 1'33"40 après avoir mené toute la course, pour la première fois de sa carrière. Lors des Wood Memorial Stakes (Gr.1), il est une nouvelle fois dépossédé de sa victoire sur tapis vert en raison d'une bousculade, étant finalement classé 3e derrière son compagnon d'écurie Angle Light et Sham.
Malgré cette péripétie, il est le grand favori du Kentucky Derby. 135 000 personnes viennent acclamer le phénomène à Churchill Downs. Pour sa première sortie sur 2 000 m, Secretariat ne déçoit pas : il l'emporte par deux longueurs et demi devant Sham et Our Native, et surtout, avec un chrono de 1'59"40,