Pendant Crysis, on trouve des aliens sur une ile (Lingshan). On a été envoyés par un certain Jacob Hargreave pour tester les nanocombinaisons, mais on ne le sait pas.
Or, bien avant Lingshan (en 1905 pour être précis), un vaisseau Ceph s’écrase en Sibérie, Hargreave y va et se fait cryogéniser juste au retour. Il ramena de ce crash l’Itération de Tunguska.
Pour en revenir à Lingshan, à la fin, on voit Prophet quitter l’USS Lexington en ADAV.Il retourne sur l’île pour essayer de prélever des échantillons de tissus aliens pour Hargreave.
Après ce petit tour dans le passé, revenons au présent, ou plutôt au futur, en 2023.Beaucoup de choses ont changées. On retrouve Prophet poursuivi par le CELL parce qu’il est un danger biochimique attesté et a la fois pour pourvoir filer la combi a Hargreave pour qu’il puisse sortir de sa cryostase. Il se trouve que Prophet massacre presque tous les mecs du CELL qui le poursuivent, mais il se rend compte que les aliens possèdent un Lithonef sous Central Park.Il tente d’en faire part a Gould, mais il meurt avant …Plus tard, on rencontre un personnage bien singulier :Tara Strickland, une ancienne Navy Seal, et fille du Major Strickland que l’on voit mourir dans Crysis 1er du nom. Il s’agit en fait d’un agent de la CIA inflitré au CELL. Bref, elle nous envoie kidnapper Hargreave, mais on découvre que celui-ci était en fait simplement cryogénisé. Après que l’on ait découvert l’état réel de Hargreave, il nous donne une seringue pour stabiliser le processus de nanoélimination et donc l’antidote a la spore alien, et par conséquent pour en quelque sorte détruire le nanovirus.
On se rend ensuite au Lithonef Mannathan (donc de Central Park) pour le détruire.
On se rend alors compte que la nanocombinaison ne détruit pas le Lithonef, mais le « reprogramme » pour changer les cibles en passant d’attaquer les humains à attaquer les aliens.
A ce moment, on voit Prophet qui nous dit que ce n’est pas fini, et que les Ceph (abréviation de