Thèse
ANNÉE 2010
THÈSE / UNIVERSITÉ DE RENNES 1 sous le sceau de l’Université Européenne de Bretagne pour le grade de
DOCTEUR DE L’UNIVERSITÉ DE RENNES 1
Mention : Informatique tel-00512725, version 1 - 31 Aug 2010
Ecole doctorale MATISSE présentée par
Guillaume Collet préparée à l’unité de recherche IRISA Institut de Recherche en Informatique et Systèmes Aléatoires IFSIC
Alignements locaux pour la reconnaissance de repliements des protéines par programmation linéaire en nombres entiers
Thèse soutenue à Rennes le 8 juillet 2010 devant le jury composé de :
Dominique Lavenier
Professeur - ENS Cachan / président
Jin-Kao Hao
Professeur - LERIA / rapporteur
Alexandre G. De Brevern
Chercheur - INSERM / rapporteur
Michel Masella
Chercheur - CEA / examinateur
Rumen Andonov
Professeur - IRISA / directeur de thèse
Jean-François Gibrat
Directeur de recherche - INRA / directeur de thèse
tel-00512725, version 1 - 31 Aug 2010
Ä ÚÖ
Ö Ù×× Ø ¸
³ ×Ø ÐÐ Ö ³ × Ò × × Ò× Ô Ö Ö ×ÓÒ ÓÔØ Ñ ×Ñ º
Ù×Ø Ú È Ö Ò
tel-00512725, version 1 - 31 Aug 2010
tel-00512725, version 1 - 31 Aug 2010
Ê Ñ Ö Ñ ÒØ×
Ä × Ø Ô × Ñ Ú ×³ Ò Ò ÒØ Ð × ÙÒ × ÔÖ × Ð × ÙØÖ × Ø Ò Ñ³ Ò ×ÓÙ Ñ × ÔÓÙÖ ÐÐ ¹ ¸ Ú × Ö ÙÒ Ô Ù× Ø Ö Ñ Ö Ö ÕÙ ÐÕÙ × Ô Ö×ÓÒÒ ×º Ô ×¸
tel-00512725, version 1 - 31 Aug 2010
Ò ÔÖ Ñ Ö Ð Ù¸ Ú ÙÜ Ö Ñ Ö Ö Ñ × Ô Ö ÒØ× Ö Ð× Ñ³ÓÒØ ØÓÙ ÓÙÖ× Ò Ø
Óѹ ÔÖ Ò Ö Ð × Ó× × Ø Ò Ñ³ÓÒØ Ñ × ÑÔ ³ ÚÓ Ö × ÜÔÐ Ø ÓÒ׺ºº Ñ Ñ ×ÙÖ Ð ÒÓÑ Ö È º Â Ð × Ö Ñ Ö Ñ³ ÚÓ Ö Ð ×× Ó × Ö Ñ ÚÓ ¸ Ù Ö ×ÕÙ Ñ Ô Ö Ö ¸ Ø ÕÙ ÐÕÙ × Ó ×¸ Ñ × ÒÚ Ð ØÐ Ô Ò º ÕÙ ³ Â Ø Ò× Ö Ñ Ö Ö Ø Ý¸ Ð Ý Ù
ÓÙÔ ³ ÐÐ Ò× ØØ Ø × º È ÖØ Ö Ñ Ú Ò³ ×Ø Ô × ØÓÙ ÓÙÖ× Ð ¸ ×ÙÖØÓÙØ ÕÙ Ò ÔÖ Ñ Ø ÕÙ Ú ÙÜ ØÓÙØ ÖÖ Ø Öº Ø Ý ×ÙÔÔÓÖØ Ñ × ÖÓ Ò Ñ ÒØ× Ø Ñ × Ö Ö ×¸ Ñ × ÒÙ Ø× Ð Ò × Ø Ñ × ÖÓÒ Ñ ÒØ׸ Ñ × ÔØ ÓÒ× Ø Ñ × ×Ù
׺ ÈÓÙÖ ÚÓ Ö ×ÙÔÔÓÖØ ØÓÙØ Ð Ø ×ÙÖØÓÙØ ÔÓÙÖ ÚÓ Ö ØÓÙ ÓÙÖ×
ÖÙ Ò ÑÓ ¸ Ø Ö Ñ Ö Ù ÓÒ Ù ÙÖº Â ÚÓÙ Ö × Ñ ÒØ Ò ÒØ Ö Ñ Ö Ö Ð × Ò× ÕÙ