Le problème théologique revient sur une question déjà tranchée depuis la bulle Sublimis deus du pape Paul III qui affirmait, dès 1537, l’humanité des Indiens et leur filiation divine. Pourtant Sepúlveda reprend deux arguments traditionnels. Celui de la révélation primitive d’abord : comment se fait-il que ces peuples lointains n’aient pas été instruits du christianisme, puisqu’il est dit, dans les Évangiles, que les apôtres s’en sont allés convertir toutes les nations ? Ensuite, comment ne pas voir la main de Dieu dans l’extermination des Indiens ? Si c’étaient vraiment ses enfants, permettrait-ils ces massacres ? En réalité la colonisation s’inscrit dans le dessin divin. Dieu punit les Indiens de leur idolâtrie et les Espagnols ne sont que son bras armé. Bref, Dieu est avec nous !
Sur le premier point (la révélation primitive) il y a accord sur les conditions et désaccord sur les données. Las Casas voit des restes de croix primitives là où, pour Sepúlveda, il n’y a que du vieux bois. Il ne s’agit que d’un litige. Alors que sur le deuxième point (la providence), le désaccord porte sur les conditions du problème : il y a différent Au sens d’Olivier Abel et non de Lyotard (O. Abel, suite. Pour Las Casas, la victoire ou la défaite des peuples ne sont pas des signes d’élection ou de condamnation divine. Il ne nie pas les données, tout son plaidoyer porte précisément sur les malheurs des Indiens, mais il reformule entièrement le problème. Comment expliquer la défaite des Indiens ? Par des causes humaines trop humaines : traîtrise, supériorité des armes et barbarie ! Alors que Sepúlveda fait des Indiens tantôt des sauvages, tantôt des barbares et tantôt des démons, Las Casas retourne ces accusations contre les Espagnols. On doit donc remonter des thèses aux problèmes. Las Casas et Sepúlveda ne construisent pas le problème de la même façon. C’est qu’ils mobilisent – bien qu’à l’intérieur du catholicisme – deux systèmes de valeurs, deux registres axiologiques