TP 2 Structure du site actif et activité d’une enzyme

La structure de certaines enzymes est connue. Par la technique de la cristallographie aux rayons X, les scientifiques ont élaboré des modèles moléculaires de l’enzyme seule ou de l’enzyme avec son substrat.

Problème :
On cherche à comprendre les modalités de l’action de l’enzyme sur le substrat en étudiant un modèle présentant l’amylase et un petit fragment d’amidon.

Mode opératoire N°1 : Visualisation du complexe Amylase/Amidon

Colorer par chaîne puis afficher en Ruban pour observer la structure de la protéine (l’amylase apparaît en bleu, l’amidon en rouge).

Mode opératoire N°2 : Localisation des Aa du site actif
Choisir la représentation en bâtonnets.

Dans le cadre ‘Propriétés’, choisir ‘Protéiques’ et sélectionner (bouton avec un carré blanc sur un carré bleu).

Sélectionner ensuite la représentation en sphères (seule la protéine est affectée).

En utilisant l’éditeur de commandes (le petit carrée avec les lettres ABC), sélectionner les acides aminés n°197, 300, 233 (en tapant juste le numéro de l’Aa dans la barre de commandes) ; sélectionner ce choix dans la fenêtre « sélection des atomes » puis les afficher en sphère de couleur distincte (chaque Aa d’une couleur différente).

Réaliser une capture écran puis réaliser un document légendé et titré du complexe enzyme-substrat dans un traitement de texte ou d’image de votre choix

Discuter de la position de ces Aa et de leur fonction dans la réaction d’hydrolyse de l’amidon

Mode opératoire N°3 : Localisation des Aa du site actif chez l’amylase mutée
Ouvrir le fichier de l’amylase mutée.

Procéder de la même façon que dans le mode opératoire N°2

En utilisant l’éditeur de commandes (le petit carrée avec les lettres ABC), sélectionner les acides aminés n°197, 300, 233 (en tapant juste le numéro de l’Aa dans la barre de commandes) ; sélectionner ce choix dans la fenêtre « sélection des atomes » puis les afficher en sphère de couleur distincte (chaque Aa