LA PHYLOGENIE MOLECULAIRE

Cela correspond à de la phylogénie par comparaison de gènes [les gènes utilisés doivent être choisis avec soin : il faut que cela soit des gènes subissant de fortes contraintes fonctionnelles donc ayant un taux de mutation faible. Un bon exemple est le cytochrome B intervenant dans les chaines d'oxydation cellulaire de tous les êtres vivants (les êtres vivants actuels l'ont sans doute hérité d'un ancêtre commun il y a trois milliards d'années)].

Il y a cependant une accumulation des mutations au cours du temps et pour rendre compte de ce phénomène, Zuckerkland et Pauling (1962) ont développé la théorie de l'horloge moléculaire.
L'hypothèse de l'horloge moléculaire était née!
1. L'horloge moléculaire
1.1 Définition

L’horloge moléculaire est un calcul effectué par les généticiens pour déterminer la séparation entre deux espèces ayant un ancêtre commun. L’horloge est basée sur le nombre de mutations détectées dans l’ADN d’un sujet A par rapport à un sujet B. En déterminant à quel rythme les mutations ont lieu, les généticiens peuvent estimer le temps passé depuis la séparation des deux espèces A et B.
En résumé, on constate que le taux d'accumulation des mutations dans le génome d'organismes différents est du même ordre de grandeur dans des régions homologues (régions soumises à la même pression de sélection).
L'accumulation sera maximale pour des régions qui ne sont pas soumises à la pression de sélection naturelle (ne codant pas pour des gènes) et minimale dans les parties du génome soumises à une forte pression (c'est à dire les régions codant pour des fonctions essentielles à la survie de l'organisme).
Chaque séquence accumule les mutations à un rythme qui lui est propre et qui est dicté par l'intensité de la pression de sélection à laquelle elle est soumise.

La similarité des mécanismes moléculaires, suggère l’existence d’un ancêtre commun à tous les organismes. Ceci peut être représenté par un arbre phylogénétique dont