Jusqu'à une époque relativement récente, les êtres vivants étaient répartis en deux règnes : le règne animal et le règne végétal. Au cours du 19 ème siècle, il est apparu que cette classification était insuffisante pour rendre compte de la diversité du monde vivant. Dans le milieu du 20 ème siècle, les êtres vivants étaient communément classés en cinq grands règnes : les bactéries, les protistes, les champignons, les plantes et les animaux. Plus fondamentalement, on a fait une distinction entre les bactéries procaryotes et les quatre règnes eucaryotes (végétaux, animaux, champignons et protistes). Cependant les procaryotes sont apparus beaucoup plus diversifiés qu'on ne l'avait pensé de prime abord.

Vers la fin des années 1970, l'équipe de Carl R. Woese (Université de l'Illinois) fait la découverte d'un tout nouveau groupe d'organismes, les archées. L'étude des relations phylogénétiques entre les séquences nucléiques des gènes de l'ARN de la petite sous-unité ribosomique révéla que ces "archébactéries", comme on les désignait alors, formaient un groupe distinct des "eubactéries". Au microscope, les archées ressemblent beaucoup aux bactéries et les conditions extrêmes de leur milieu naturel (températures très élevées, milieux salins, hautes pressions) en rendent la culture difficile. Cependant, les données biochimiques et génétiques en font un groupe à part. En fait, ces organismes forment un groupe aussi distant des bactéries que des eucaryotes. D’ailleurs, c’est sur la base des différences marquées que Woese et ses collègues proposèrent de répartir les êtres vivants en trois domaines : les eucaryotes, les eubactéries et les archébactéries. Les procaryotes comprenant deux domaines: les bactéries et les archées (nouvelles dénominations des eubactéries et archébactéries respectivement). Chacun des trois groupes présente des caractéristiques qui lui sont propres, mais ils partagent tous certaines caractéristiques avec les autres et aucun n'est ancestral par