La réflexion philosophique : “Germinal” peut être considéré, au-delà de la description réaliste d'un métier et d'un milieu, comme une tragédie du malheur universel, comme l'évocation pleinement symbolique de la lutte de tout être humain dominé par un pouvoir oppresseur, et qui, après avoir connu la résignation, recouvre sa dignité, subit un échec, mais conserve l’espoir car, grâce à la fraternité, il est possible d’envisager une issue, une libération.
Illustration d’aspects essentiels de l'existence, la Liberté, l’Amour, la Justice, le Droit au bonheur, le Mal, la Mort, la Nature de l’être humain, c’est aussi le roman de la pesanteur et de la chute, où l'être humain plonge dans la matière dense et opaque, dans l'animalité, dans la bestialité de ses instincts, dans le déterminisme de l'hérédité et de la sexualité. Dans cette nuit qui l'écrase, où l’on peut voir l'obscurité mystérieuse et inquiétante de l'inconscient, il parcourt un labyrinthe, dont les boyaux étroits et obscurs sont comme les multiples rouages d’un monde complexe. Mais il faut justement passer par le souterrain, consentir à y vivre pour pouvoir le décrire et ensuite s'en libérer à jamais, remonter vers la surface, l'air pur et le soleil. Ainsi est cultivé le fantasme du complot ténébreux près d'éclater au grand jour pour ruiner la société.
On a vu que le titre suggère un espoir puisqu'il évoque le printemps où a lieu la germination, thème qui traverse les ténèbres du roman. Zola semble aussi reprendre la parabole évangélique qui veut que, si une graine n'a pas poussé, d'autres le pourront, qu’il faut donc en semer un grand nombre pour qu'une ait la possibilité de germer. Cependant, il faut remarquer que la métaphore suggère aussi que ce phénomène naturel ne peut être hâté par l'action de l'être humain.
On peut se demander si cette œuvre est finalement optimiste ou pessimiste. Pour Jules Lemaître, un de ses premiers critiques, elle est «une épopée pessimiste de l'animalité humaine». Un jugement