Thomas, 16 ans, se réveille amnésique dans un labyrinthe. Là, il rencontre quelques dizaines d'adolescents qui furent envoyés là à raison d'un par mois, ils sont eux aussi tous amnésiques, ne se souvenant que de leur prénom. Il apprend peu à peu le fonctionnement du groupe. Les plus anciens sont là depuis trois ans, ils s'appellent entre eux les "blocards". La grande cour entourée de murs géants, le "bloc", qui se trouve au milieu du labyrinthe a été aménagée pour entretenir un potager et élever un peu de bétail ; un petit cimetière accueille les blocards qui n'ont pas survécu à certaines tentatives d'évasion ; un bâtiment sert de dortoir et pour les repas mais ils sont nombreux à dormir dehors vu qu'il ne pleut jamais. Les tâches sont réparties pour que chacun ait une occupation, pour assurer la cohésion du groupe. Certaines fournitures sont fournies via un ascenseur, la "boîte", par des personnes extérieures que les prisonniers ont dénommés les "créateurs".

Thomas se sent irrésistiblement attiré par le rôle de "coureur", pourtant réservé aux plus méritants : chaque jour, ils parcourent le labyrinthe en relevant la position des murs, dont l'emplacement a varié depuis la veille. Mais ils doivent impérativement rentrer avant que les portes ne se referment automatiquement à la tombée de la nuit. Car alors les "griffeurs", des monstres faits de chair et de métal, sillonnent le labyrinthe et gare au blocard resté à leur portée... Au mieux il serait piqué par un de leurs nombreux appendices, et les séquelles sont graves malgré le sérum fourni : on l'appelle ici la "transformation" et au bout de plusieurs jours de souffrance, quelques bribes de leur ancienne vie reviennent.

Ces souvenirs semblent faire émerger un monde apocalyptique...

Le lendemain de l'arrivée de Thomas, une fille arrive dans le labyrinthe par la boîte. C'est la première et seule fille. Elle est inconsciente et le restera plusieurs jours. Dans sa main, il y a un papier annonçant que tout va