Origines
Le mot « fédéralisme » vient du latin foedus, l'alliance. Sous le Bas-Empire, les peuples barbares ainsi liés à Rome étaient des foederati.
Fédéralisme territorial
Johannes Althusius est considéré comme le père du fédéralisme moderne. Il a notamment exposé les bases de cette philosophie politique dans Politica Methodice Digesta, Atque Exemplis Sacris et Profanis Illustrata (1603).
Montesquieu voit dans l'Esprit des lois des exemples de républiques fédéralistes dans les sociétés de sociétés, la polis réunissant des villages, et les cités elles-mêmes formant des confédérations3.
Toutefois le fédéralisme au sens moderne du terme vient d'abord de la Suisse, puis des États-Unis. Le pacte défensif permanent entre les cantons de Uri, Schwyz et Unterwald, conclu en 1291 est à l'origine de la Confédération suisse (voir Histoire de la Suisse). L'État fédéral moderne apparaît avec la Constitution des États-Unis d'Amérique en 1787 qui succède à la Confédération de 1777. La Suisse adopte elle-même une constitution fédérale en 1848.
Sous la Révolution française, le fédéralisme fut le nom donné en 1792 et 1793 au dessein qu'on prêtait aux Girondins de former, à partir des départements de la France, autant d'États égaux en droits et de les liguer contre Paris pour détruire la prépondérance de la capitale. Malgré les troubles qui agitèrent à cette époque l'Ouest et le Midi, il ne paraît pas que ce projet ait eu une quelconque réalité.
Fédéralisme communautaire
Le fédéralisme communautaire a existé dans des États tels les empires aztèque, de l'Inde, chinois ou turc où, sur tout le territoire, c'étaient les communautés, essentiellement définies par l'origine et/ou la religion, qui constituaient une fédération. Ce type de fédéralisme multiconfessionnel (que certains média actuels appellent, par confusion, "nouvelle laïcité") est connu sous le nom (d'origine turque) de "Système du Milliyet", et il a perduré dans certains États post-ottomans tels que Chypre, le Liban,