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À la mort de Marguerite, un peintre du nom de Pierre LeBer a réalisé un portrait de la défunte.
Le 31 octobre 1982, le pape Jean-Paul II, déclare Marguerite-Bourgeoys comme Sainte car elle a consacré sa vie à l’éducation des jeunes et des familles.
Une plaque d'interprétation a été installée sur la rue Notre-Dame en 1993.
Commission scolaire Marguerite Bourgeoys Son nom a été choisi en 1998, à la suite d'un concours, par des élèves de la commission scolaire. Il rappelle celui de Marguerite Bourgeoys, première institutrice de Montréal.
Aujourd’hui l’œuvre de Marguerite Bourgeoys est toujours vivante.
La congrégation de notre dame poursuit l’action éducative.
Lors d’une cérémonie émouvante en avril 2005, les membres de sa communauté et les Montréalais ont ramené ses restes mortels à Notre-Dame-de-Bon-Secours, au cœur même du quartier quel a vécue , travailler et mourir. C’étais une femme de courage, de vision et de compassion demeure un exemple et une inspiration pour nous tous. Ainsi, Marguerite Bourgeoys est revenue dans sa chapelle au cœur du Vieux-Montréal, le quartier où tous l’ont appréciée Situé tout près du Vieux-Port de Montréal dans le quartier historique du Vieux-Montréal, le Musée Marguerite-Bourgeoys a ouvert ses portes au public le 24 mai 1998. Il offre aux visiteurs une expérience mémorable en leur parlant d’histoire, de patrimoine et d’archéologie.
Le Musée met en valeur Marguerite Bourgeoys, une femme de courage et de compassion qui a vécu au XVIIe siècle. À travers ses multiples réalisations, c’est tout le courage des gens qui ont bâti Montréal qui s’exprime.