Il naquit le 14 janvier 1875, peu après l'annexion de l'Alsace par l'Empire allemand. Etant donné qu'à sa naissance, il était un nourrisson faible, les médecins de Kaysersberg recommandèrent à sa famille d'aller dans un endroit où l'air était pur. Il passa donc son enfance à Gunsbach où son père avait trouvé un poste de pasteur et d'instituteur lorsque le petit Albert avait six mois.
Il a été initié très tôt à la musique et joua de l'orgue paroissial dès l'âge de neuf ans.
Il passa ses années d'études secondaires à Mulhouse de 1885 à 1893 et obtint son baccalauréat en 1893. En octobre de la même année, il débuta ses études de théologie et de philosophie à l'université de Strasbourg et étudia l'orgue à Paris, chez Charles-Marie Widor.
Le jour de Pentecôte 1896, il prit la décision qu'à l'âge de trente ans, il se consacrerait à un service purement humanitaire1.
De retour de Paris et Berlin où il avait étudié la théologie et la philosophie pendant trois ans, il passa ses doctorats de philosophie (1899) et de théologie (1900) à Strasbourg. Il devint ensuite pasteur de l'Église Saint-Nicolas de Strasbourg, où il bénit, le 11 avril 1908, le mariage de Theodor Heuss, futur premier président de la République fédérale d'Allemagne.
Sa thèse de théologie sur la Sainte-Cène fut publiée en 1901 ; l'année suivante, il fut nommé chargé de cours à la faculté de théologie de protestante l'université de Strasbourg. De 1903 à 1906, il fut directeur du Collegium Wilhelmitanum qui était le séminaire protestant (ou le Stift) de Strasbourg. Il jouait régulièrement de l'orgue sur l'instrument de l'église protestante saint Nicolas de Strasbourg dont il était titulaire. En automne 1904, il lut l'article dans le "Journal des Missions Evangéliques de Paris" et décida de devenir médecin et d’aller à Lambaréné.
Il donna des séries de concerts d'orgue afin d'aider au financement de son hôpital. C'était un spécialiste de Jean-Sébastien Bach auquel il a consacré une monographie (1905). Il