L'analyse se termine lorsque le refoulement a été suffisamment levé pour raisonnablement pouvoir penser que la névrose ne reprenne pas ses droits. Mais, note-t-il, ceci vaut pour des conditions normales, une situation traumatique pouvant par exemple tout de même compromettre la santé (Cf. Réaction thérapeutique négative).
Sándor Ferenczi s'étant plaint que dans sa cure l'analyse du transfert n'ait pas été jusqu'à son terme, le transfert négatif n'ayant pas été traité, Freud lui répond implicitement, que ce conflit n'était pas alors en vigueur. L'analyse ne peut traiter que les conflits au présent, conséquences de l'élaboration d'un traumatisme passé. Elle ne peut anticiper sur de futurs conflits qui ne s'étaient pas alors présentés. Si l'analyste les évoque, l'analysant ne l'entendra pas. Si l'analyste voulait provoquer ce conflit, ce qui poserait un large problème déontologique, alors le conflit ne serait pas traitable, puisque pas élaboré - et le moi dépenserait toute son énergie à travailler ce nouveau conflit plutôt qu'à l'analyse. Freud recommande donc de s'en tenir à la seconde règle fondamentale, quitte à ne pas analyser ce qui ne peut l'être.
L'analyse vise-t-elle la santé psychique, l'analysé accédant, par l'analyse, à ce que les autres ont élaboré sans aide, ou l'analyse vise-t-elle à former un analysé aux capacités d'introspection (insight supérieures à la normale ? Là encore il s'agirait d'une question en discussion.
Toute névrose possède également un noyau psychotique (Partie psychotique de la Personnalité)[6], supposée par Freud inanalysable. Depuis Freud beaucoup de chemin a été parcouru sur le sujet, l'analyse strictement réservée aux « névrosés » est un credo qui s'est révélé par trop limitatif. Plusieurs des patients de Freud seraient d'ailleurs aujourd'hui regroupés sous l'appellation « cas limite » (Concept de limite (psychanalyse)) (L'Homme aux loups, Dora, etc.). La théorie kleinienne et celles de ses successeurs (Wilfred Bion, Herbert