Le propos de Socrate se scinde en trois parties séparées : d'abord, il plaide non-coupable (17a-35d) ; ensuite, reconnu coupable, il propose une sentence alternative à la peine capitale (35e-38b) ; enfin, il clôt le procès par une adresse informelle, ou péroraison (38c-42a)

Toute la première partie s'occupe de convaincre les juges athéniens de l'innocence de Socrate. Cette défense semble s'ordonner de manière cohérente : Socrate examine les reproches qu'on lui adresse, l'un après l'autre, et y répond point par point, montrant leur invraisemblance et finissant par mettre Mélétos devant ses propres contradictions à l'issue d'un contre-interrogatoire assez cruel. Cependant, cette défense présente plusieurs aspects atypiques : son caractère improvisé induit une structure d'apparence décousue, pendant que le refus systématique de recourir à des témoignages décrédibilise le propos. Peu convaincus, les juges rendent une sentence mitigée où la condamnation l'emporte à une faible majorité.

Une fois condamné, en revanche, Socrate change nettement de ton. Mélétos, Anytos et Lycon réclamaient la mort - peut-être dans l'idée que Socrate proposerait de s'exiler. En tout état de cause, Socrate prend ses interlocuteurs à contre-pied. Dans une plaidoirie particulièrement ironique et acerbe, il prétend devoir être nourri dans le prytanée jusqu'à la fin de ses jours. La retraite dans le prytanée constituait la plus haute récompense qu'Athènes pouvait décerner à l'un de ses citoyens et il est évidemment hors de question qu'on l'accorde à un individu condamné par la justice. Pourtant, Socrate prétend mériter ce traitement parce qu'il est en effet le plus grand bienfaiteur de la Cité (36d). Les enjeux du procès de Socrate dépassent le sort d’un vieil excentrique : à la fin de l'Apologie, on a l’impression que la Cité se rend coupable d’une bêtise vraiment grave, dont elle pâtira beaucoup plus que Socrate ne pâtira de la mort.

Provocation gratuite ? Inconscience ? Dangereux