L'histoire joue au XVIIIe siècle dans les fôrets nord-americaines. Elle s'inscrit à l'époque romantique. Chactas, un jeune Indien de dix-sept ans, est blessé dans sa première guerre contre une nation indienne ennemie. Mais il a de la chance et un vieil Espagnol nommé López l'accueille chez lui et s'occupe de lui. Mais bien que Chactas aime très fort López, il ne reste pas longtemps dans le monde des Blancs. Comme il est sûr de mourir bientôt, s'il ne reprend pas la «vie sauvage», il quitte l'Espagnol et retourne au désert.

Un peu après, le pauvre Chactas est fait prisonnier par un groupe des Siminoles. Ils l'enlèvent pour le brûler dans leur village. Pendant le voyage, Chactas fait la connaissance d'Atala, la belle fille du chef des guerriers. Les deux jeunes tombent amoureux et c'est pourquoi Atala essaie plusieurs fois de libérer Chactas. Mais celui-ci refuse toujours de fuir sans elle. Finalement, la nuit avant la mort de Chactas, Atala décide de le sauver et de fuir avec lui.

Chactas est très heureux et les deux partent vers sa patrie à lui. Mais il y a un grave problème entre eux: Atala, tout en jurant son amour à Chactas, dit en même temps qu'ils ne pourraient jamais être un couple à cause de sa religion: elle est chrétienne comme sa mère morte. Elle devient de plus en plus triste et adopte une attitude de refus envers Chactas, étant déchirée entre son grand amour et sa religion.

Au millieu d'un orage terrible, ils sont trouvés par un prêtre chrétien qui vit seul au désert cherchant Dieu dans la solitude. Ils les invite chez lui. Ils y sont seulement un jour quand Atala devient tout à coup gravement malade. Et enfin, sur le lit de mort, elle se confie à Chactas et au prêtre. Elle raconte que sa naissance était très difficile et que sa mère avait peur pour elle. Alors elle a consacré la virginité de sa fille à Dieu, si Atala devait échapper à la mort. Depuis qu'elle a fait connaissance avec Chactas, Atala a peur de rompre le vœu de sa mère et que