Le premier mandat d'arrêt international lancé sur sa personne date de mi-avril 1998 et il émane d'Interpol à la demande de la Libye suite à l'assassinat en 1994 sur son sol d'un couple de citoyens allemands, les Backer, des agents secrets de l'Office fédéral de protection de la constitution27 (Bundesamt für Verfassungsschutz/BfV). Depuis lors, l'Espagne28 et les États-Unis ont également demandé des notices rouges sur lui à Interpol29.
Les États-Unis le tiennent pour responsable des attentats à la bombe dirigés contre les ambassades américaines de Nairobi au Kenya (213 morts dont huit Américains) et de Dar es Salam en Tanzanie (onze morts, tous Tanzaniens) le 7 août 1998.
Une preuve tangible de la forte présence de l'ISI en Afghanistan a été donnée par la protestation officielle pakistanaise lors du bombardement américain de représailles par missiles de croisière contre les camps dirigés par Ben Laden le 12 août 1998 qui tua cinq officiers de ce service30.
En 1999, deux colonels de l'armée chinoise le citent abondamment dans leur livre La Guerre hors limites où il est désigné comme un grave péril futur31. Il est placé en juin de la même année sur la liste des Dix fugitifs les plus recherchés du FBI32.
En août 2001, le Groupe islamique combattant marocain fait allégeance à Oussama ben Laden, en particulier via des gens présents en Afghanistan, et qui vont par la suite vivre en Belgique33.
En août 2001, le prince Turki est limogé par le régime saoudien.
Épaulés par le Pakistan, les États-Unis négocient avec les talibans, qui tergiversent. Les attentats du 11 septembre 2001 stoppent brutalement cette négociation.
Oussama ben Laden est considéré comme le principal responsable des attentats du 11 septembre 2001 contre le World Trade Center et le Pentagone. Il a lui-même reconnu une implication dans les attentats contre le World Trade Center du 11 septembre 2001, en avouant en être l'instigateur (« Je vous le dis, Allah sait qu'il ne nous était pas venu à l'esprit