En 1953, Martin Luther King devient le pasteur de l'église baptiste de l'avenue Dexter à Montgomery (Alabama). Le sud des États-Unis est à cette époque marqué par les violences commises contre les noirs, culminant en 1955 avec le meurtre raciste de Emmett Till, un adolescent de 14 ans, du pasteur activiste George W. Lee et du militant des droits civiques Lamar Smith.
Le 1er décembre 1955, lorsque Rosa Parks, une femme noire, est arrêtée pour avoir violé les lois ségrégationnistes de la ville en refusant de céder sa place à un homme blanc, il mène le boycott des bus de Montgomery avec l'aide du pasteur Ralph Abernathy et d'Edgar Nixon, directeur local du National Association for the Advancement of Colored People. La population noire soutient le boycott et organise un système de covoiturage. Martin Luther est arrêté durant cette campagne qui dure 382 jours et qui devient extrêmement tendue à cause de ségrégationnistes blancs qui ont recours au terrorisme : la maison de Martin Luther King est attaquée à la bombe incendiaire le matin du 30 janvier 1956, ainsi celle de Ralph Abernathy et quatre églises. Les boycotters sont souvent attaqués physiquement mais l'ensemble des 40 000 noirs de la ville continuent de marcher, parfois jusqu'à 30 km, pour rejoindre leur lieu de travail. Le boycott se termine par une décision de la Cour suprême des États-Unis le 13 novembre 1956 déclarant illégale la ségrégation dans les autobus, restaurants, écoles et autres lieux publics.
En 1957, il joue un rôle capital dans la fondation de la Southern Christian Leadership Conference (SCLC, « Conférence des dirigeants chrétiens du Sud »), dont il est élu président et le reste jusqu'à sa mort. La SCLC est une organisation pacifique qui participe activement au Mouvement pour les Droits Civiques en organisant les églises afro-américaines pour conduire des protestations non violentes8. Martin Luther adhère à la philosophie de désobéissance civile non-violente comme décrite par Henry David