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Le 1er novembre 2009, La Matapédia est devenue la treizième MRC québécoise à élire son préfet au suffrage universel. Chantale Lavoie devînt la première préfète élue de La Matapédia en succédant à Georges Guénard, le maire de Saint-Vianney. En effet, avant cette date, un des maires des municipalités exerçait aussi le rôle de préfet.
Les premiers habitants du territoire de la MRC furent les Micmacs, nation qui se développa vers 500 ans avant J.-C. Le premier colon canadien-français à s’établirent dans la vallée fut Pierre Brochu qui s’installa à la tête du lac Matapédia en 1833 à l’endroit où se développera par la suite le village de Sayabec. Cependant, ce n’est que vers la fin du XIXe siècle que des défricheurs commencèrent à arriver plus massivement. La MRC de La Matapédia fut créée le 1er janvier