Boston se situe au nord de la mégalopole du Nord-est des États-Unis appelée BosWash. Elle est la ville la plus importante de la Nouvelle-Angleterre et se trouve sur la côte orientale de l’État du Massachusetts. Elle est entourée par les villes de Revere, Chelsea, Everett, Somerville, Cambridge, Watertown, Newton, et Quincy. Plusieurs autres villes en périphérie constituent le Grand Boston.

Boston a longtemps profité d’une situation très favorable sur la côte de l’Océan Atlantique : plus proche de l’Europe occidentale que sa rivale New York, elle a développé son trafic maritime et son industrie jusqu’au XIXe siècle. La baie du Massachusetts offrait un abri en eaux profondes pour les navires et son site péninsulaire lui donnait une défense naturelle. La ville du XVIIe siècle s’étalait sur la péninsule de Shawmut, reliée au continent par un isthme étroit. À l’ouest s’étendaient des marais envahis par la marée : de nos jours, cette partie correspond au quartier de Back Bay. Le centre de la Boston coloniale se trouvait autour de l’Old State House. Enfin, la ville était entourée à l’origine par trois collines, les Trimoutains, dont il ne reste aujourd’hui que celle de Beacon Hill ; les autres ont été rasées pour combler le port de Boston et le secteur de Back Bay. La physionomie de la ville a donc été considérablement transformée entre sa fondation et le XXe siècle (voir le paragraphe urbanisme plus bas). Tout comme San Francisco, Boston est aujourd’hui en grande partie implantée sur des terre-plein artificiels qui ont fait disparaître son caractère péninsulaire.

Les deux cours d’eau de la Charles River et de la rivière Mystic permettent une communication facile avec l’intérieur des terres. Avec le percement du canal Érié au début du XIXe siècle, Boston perd son avantage au profit de New York. La croissance du trafic dans le bassin du Mississippi et des Grands Lacs éclipse également l’influence de Boston. Aujourd’hui, la rivière Charles sépare Boston de Cambridge