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- en 1865 ce sont des travaux sur la paraplégie douloureuse des cancers, sur l'anatomie et la physiologie du système nerveux, leçons encore sur les maladies du poumon, du foie, avec la description du lobule pulmonaire et du lobule hépatique, sur la pathologie des hémorragies cérébrales,
- en 1868-1869 il s'intéresse à l'atrophie musculaire progressive des mains, pouvant s'étendre aux bras, aux jambes, aux muscles de la langue, du pharynx et du larynx.
Il met en évidence le rapport entre les lésions de certaines parties du cerveau et les atteintes motrice sil réhabilite l'hypnose comme sujet d'étude scientifique en la présentant comme un fait somatique propre à l'hystérie. Pour Charcot, l'intérêt pour l'hypnose est inséparable de la méthode anatomo-clinique, c'est-à-dire de l'identification des altérations anatomiques susceptibles d'expliquer les maladies nerveuses organiques.
docteur Esprit Blanche fonde une maison de santé, un asile d'un genre tout à fait nouveau, établi sur le modèle d'une pension de famille.
A Montmartre puis à Passy, les patients vont partager la vie quotidienne du médecin, de sa femme et de ses enfants, dîner à leur table, se promener dans leur parc de cinq hectares. De cette initiative va naître l'une des institutions les plus célèbres