Mais ce que l'on a appelé le « guet-apens » de Bayonne révèle aussi la méthode de Napoléon qui cherche à agir en douceur. Toute sa correspondance est pleine de conseils de prudence, visant à l'apaisement. Il craint en effet que le prince des Asturies n'entre en dissidence, d'où les consignes visant à rassurer les Espagnols.
« Vous pourrez déclarer verbalement, dans toutes les conversations, écrit-il à Murat le 10 avril, que mon intention est non seulement de conserver l'intégrité des provinces et l'indépendance du pays, mais aussi les privilèges de toutes les classes, et que j'en prendrai l'engagement ; que j'ai le désir de voir l'Espagne heureuse et dans un système tel que je ne puisse jamais la voir redoutable pour la France ». Ces propos ne sont pas en contradiction avec le projet d'installer un prince français en Espagne. En changeant de souverain, il veut faire entrer l'Espagne dans son système, c'est-à-dire l'associer à la lutte contre l'Angleterre dans le cadre du blocus continental, mais aussi la doter de nouvelles institutions, susceptibles de la rapprocher du modèle français.

Le soulèvement de la population madrilène le 2 mai 1808 marque pour les Espagnols le déclenchement de la guerre contre les Français. Il n'est pas totalement une surprise pour Napoléon qui avait déjà mis en garde Murat contre la « populace » de Madrid. Mais il n'en perçoit pas la portée. Aux yeux de Napoléon, elle a surtout permis de désarmer Madrid. Il est alors persuadé que le soutien des souverains provoquera le ralliement de l'ensemble des élites espagnoles à sa cause. Il multiplie du reste les recommandations pour améliorer le traitement des soldats espagnols théoriquement placés sous l'autorité de Murat. Surtout il annonce à Murat, le 8 mai, qu'il envisage de convoquer à Bayonne des représentants des provinces de toute l'Espagne afin de les consulter sur le choix d'un nouveau souverain. Finalement, c'est par un décret du 25 mai 1808 que Napoléon décide la convocation de