1 Construction d’indicateurs épidémiologiques à partir du Système d’information de dépistage
(SI-DEP) : Indicateurs sur les mutations
06/01/2022
EVOLUTION DE LA STRATEGIE DE CRIBLAGE Les tests RT-PCR de criblage utilisés et dont les résultats sont remontés dans SI-DEP permettaient de suspecter la présence du variant préoccupant (VOC) Alpha (20I/501Y.V1) et de manière non distincte des VOC Bêta (20H/501Y.V2) ou Gamma (20J/501Y.V3). Cette stratégie de criblage ciblant les VOC
Alpha, Beta …afficher plus de contenu…

En effet la définition des personnes pour le calcul des indicateurs
(voir note méthodologique) ne retient qu’un seul test pour une personne dans une période donnée, alors que cette dernière peut s’être fait tester plusieurs fois (test antigénique, suivi par une PCR par exemple). Cette méthodologie pourrait amener à ne pas comptabiliser un test qui porte une information sur la présence d’une mutation, et donc sous-estimer leur représentation.
L’ensemble des tests positifs de la base SI-DEP font l’objet de recherche d’information sur une ou plusieurs mutations, avec l’application d’un nettoyage concernant les doublons stricts, basé sur …afficher plus de contenu…

deux mutations sont recherchées et interprétable
Nombre de tests pour lesquels les mutations E484K (code=A) et L452R (code=C) sont absentes Somme des tests positifs pour lesquels la recherche de mutation A et C est négative
(code= A0C0)
Nombre de tests pour lesquels les mutations E484K (code=A) et L452R (code=C) sont recherchées et interprétables
Somme des tests positifs pour lesquels la recherche de mutation A et C est positive ou négative (code= [AC][01])
Proportion de tests avec absence des deux mutations :
A0C0 /[AC][01] 5 e) Proportion de tests avec présence de l’une ou plusieurs des mutations suivantes : DEL69/70,
K417N, S371L-S373P ou Q493R parmi les tests criblés où l’une des mutations est recherchée
et