La jeunesse de Jules César s’inscrit dans un contexte de violentes luttes politiques qui opposent les optimates aux populares. Les premiers maintiennent une ligne conservatrice et aristocratique qui place le sénat romain au cœur de la République. Les seconds veulent satisfaire les revendications sociales et accorder plus de place politique aux Italiens et aux provinciaux.

Jules César grandit ainsi au milieu de troubles sanglants (première guerre civile) : combats de rue à Rome en 88 av. J.-C. entre les partisans de Caius Marius, chef des populares, et ceux de Sylla, puis victoire des légions de Sylla sur les marianistes aux portes de Rome en 82 av. J.-C., suivie d’impitoyables chasses à l’homme contre les proscrits du camp adverse.

Ses relations familiales placent Jules César parmi les populares dans le jeu politique romain. Sa tante Julia fut l’épouse du consul Marius et lui-même épouse en 84 av. J.-C. Cornelie Cinna la fille de Cinna, successeur de Marius. Malgré ces alliances familiales, Jules César ne semble pas s’être joint aux marianistes les plus extrémistes lors de la guerre civile qu’ils menèrent contre Sylla. Il est possible que César ait suivi les modérés lorsqu’ils se rallient à Sylla22. En 84 av. J.-C. César est choisi (ou est candidat) au sacerdoce de flamen dialis (premier prêtre de Jupiter) à la suite du suicide de Lucius Cornelius Merula durant les proscriptions marianistes. Ce poste honorifique lui interdit toute activité guerrière, donc d'entreprendre le Cursus honorum.

Sylla exige que César divorce de Cornelie Cinna et rompe ainsi ses derniers liens avec les marianistes. César refuse, et doit se cacher, jusqu’à ce que de puissants protecteurs, dont son oncle Aurelius Cotta, fassent fléchir Sylla et cesser la traque. Sylla lui a entre-temps bloqué sa nomination comme Flamen Dialis et les interdits qui l'accompagnaient (ainsi que la dot de sa femme et une partie de son héritage). Prudent, César quitte Rome23. Il s’enrôle vers 80 av. J.-C.