Né d'un père prêtre orthodoxe, maître d'école et d'une mère musicienne, étudie la construction navale à l’Institut polytechnique de Saint-Pétersbourg

rejoint rapidement les Bolcheviks Il participe à la tentative de révolution de 1905 il rencontre Lioudmila Oussova, avec laquelle il se marie en 1908 mais est arrêté, puis assigné à résidence. Il tente de rentrer clandestinement à Saint-Pétersbourg mais doit se réfugier en Finlande. Ses écrits et actions politiques lui valent un nouvel exil en 1911. Ces épisodes d'éloignement lui inspirent Province.

À peine rentré à Saint-Pétersbourg après l'amnistie de 1913, la publication d'Au Diable vauvert lui vaut les foudres de la censure tsariste et un nouvel exil. il est en Angleterre en 1916 pour superviser la construction de navires brise-glace.

Zamiatine devient très critique à l'égard de la dérive autoritaire du Parti, qu'il quitte en 1917

Son roman Nous autres, écrit en 1920-1921 et publié quatre ans plus tard en langue anglaise[1], lui apporte la notoriété, même s'il est interdit en URSS.
Interdit de publication en 1924, accusé d'antisoviétisme lors d'une violente campagne de presse après la parution de Nous autres à l'étranger[ il écrit en 1929, comme Mikhaïl Boulgakov, à Staline, mais uniquement pour obtenir l'autorisation de quitter l'URSS

Il quitte l'URSS en 1931 et s'installe à Paris, où il vit jusqu'à sa mort le 10 mars 1937. Il est enterré au cimetière de