dissertation

Pages: 7 (1567 mots) Publié le: 2 janvier 2014
Eléments de Biochimie

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1. (4p) Ecrivez la structure chimique du tetrapeptide Glycyle-tyrosyle-seryle-histidine. Identifiez les carbones asymétriques, les liens peptidiques et les liaisons simples qui ont un caractère de double liaison. Quelle-est la charge nette de ce peptide s’il se trouve dilué dans un tampon MES(acide morpholino-éthane-sulfonique) contenant 40mM de forme basique et 20mM de forme acide ?
pK
Ammonium terminal ~ 9
Acide carboxylique terminal ~ 4
Chaîne latérale histidine (imidazolium) 6,0
Chaîne latérale tyrosine 10,5
MES 6,1

Premièrement, on trouve le pH : pH=pKa+log(A-/HA) dans ce cas ci : pH=6.4

Ensuite on calcule la contribution de chaque groupement encharge à l’aide des formules :
pH=pKa+log(A-/HA) et la charge globale est égale A-/(A-+HA) (c'est-à-dire la forme chargée sur la somme de toutes les formes).
1) ammonium terminale : 6.4=9+log(NH2/NH3+) on trouve donc : NH2/NH3+=10-2.6 on a donc une bien plus grande quantité de NH3+ (plus de 99%) donc on peut dire que l’ammonium terminale contribue pour 1charge +
2) acide carboxylique terminal.6.4=4+log(COO-/COOH) on trouve COO-/COOH=102.4 Donc l’espèce majoritaire est COO- et contribue pour 1 charge –
3) Histidine : 6.4=6+log(N/NH+) ( il faut connaître les couples acides bases correspondant aux a.a. qu’on doit connaître) on obtient : N/NH+=100.4 ce qui nous donne : N/NH+=2.518 Donc : N=2.518NH+  on utilise la formule NH+//(N+NH+) pour trouver la charge globale : on trouve 2.518/3.518= 0.28de charge + (en remplaçant dans l’équation N par 2.518NH+ et en simplifiant les NH+). On a donc une contribution de 0.28 charge +
4) Même démarche mais avec le couple O-/OH. On trouve O-/OH=10-4.1 On a donc une contribution de 1 charge neutre, car on a beaucoup plus de OH que de O-)
5) On fait la somme des charges (en faisant attention qu’il n’y ait pas plusieurs fois le même substituant (parexemple deux histidines)) on obtient : 1-1+0.28+0=0.28 charge+

Que se passe-t-il lorsque l’on fait réagir ce peptide dans une solution d’HCl 6M à 120C pendant 24 heures ?
=> on clive tous les liens peptidiques.
Trp détruit
Asn et Gln -> Asp et Glu ; sa signifie que les Triptophanes sont détruits et les Asparagine sont transformés en Aspartate et les glutamines en glutamate.
(voir courschapitre 8 dia 16 sur l’hydrolyse acide)


2. (3p) Expliquez, en une page maximum, les principes de séparation et les caractéristiques essentielles de la chromatographie par échange d’ions, de la filtration sur gel et de la technique SDS-PAGE.
Vous n’avez pas vu je pense… a part le SDS-Page qui est dans le chapitre 8 dia 12

3. (4p) Décrivez, en une page maximum, la signification de l’équationde Michaelis-Menten et des paramètres kcat, Km et Vmax.

Chapitre 10 dias 35 à 39

4. (2p) Construisez le O--D-mannopyranosyl-(1->6)--D-galactopyranose en projection de Haworth et en conformation chaise, sachant que le mannose et le galactose sont respectivement les épimères en C2 et C4 du glucose. Identifiez les carbones anomériques, le ou les lien(s) glycosidique(s) et la ou lesfonction(s) acétal(s) et/ou hémiacétal(s). S’agit-il d’un sucre réducteur ?

Ca je pense que je t’ai déjà expliqué… je ne sais malheureusement pas t’aider comme ça, par ordinateur… donc tu peux voir dans le cours chapitre 6 dia 26 un exemple de ce que c’est. Juste à savoir, un épimère du glucose en Cx ça signifie qu’on inverse la stéréochimie de ce carbone (donc le OH passe au dessus s’il était audessous et vice-versa). Un carbone anomérique est le carbone 1 de (à droite de l’Oxygène). Une fonction acétale est une fonction R-O-C-O-R. donc c’est la fonction qui forme le lien glycosidique. Une fontion cétale est une fonction R-O-C-OH, c’est la fonction qui est formée par le O et le C1. Un sucre réducteur est un sucre qui a une fonction Hémiacétal

5. (2p) Quel-est le type d’interaction non...
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