Dans la Deuxième Méditation, Descartes illustre cette différence par un exemple. Observons « ce morceau de cire qui vient d'être tiré de la ruche ». […] « Il n'a pas encore perdu la douceur du miel qu'il contenait, il retient encore quelque chose de l'odeur des fleurs dont il a été recueilli ; sa couleur, sa figure, sa grandeur, sont apparentes ; il est dur, il est froid, on le touche, et si vous le frappez, il rendra quelque son. » On remarque que les cinq sens sont mis à contribution et semblent donner des informations précises et fiables sur le morceau de cire. Si l'on approche celui-ci d'une source de chaleur, chacune de ses caractéristiques sensibles est modifiée : il change de forme, de couleur, de consistance, il devient insipide, inodore et insonore. Bref, rien ne demeure de l'image concrète que nous en donnaient nos sens. Pourtant, nous savons bien que c'est de la même cire qu'il s'agit. Il est donc évident que, pour avoir une connaissance « claire et distincte » de la cire, nous ne pourrons pas nous appuyer sur de simples impressions sensibles. Il faudra, par le raisonnement, dégager les éléments constitutifs qui se retrouvent à l'identique dans tous les états de la cire et dans tous les morceaux de cire.

A la Seconde Méditation « De la nature de l’esprit humain ; et qu’il est plus aisé à connaître que le corps » des Méditations Métaphysiques, Descartes, avec l’expérience du morceau de cire et de l’épisode des chapeaux et des manteaux vus d’une fenêtre, montre la différence entre l’expérience sensible et la réalité objective et montre aussi que la matière n’est saisie que par la pensée mais qu’elle est bien une réalité indépendante de l’esprit.
Descartes écrit : « Mais je ne me puis empêcher de croire que les choses corporelles, dont les images se forment par ma pensée, et qui tombent sous le sens, ne soient plus distinctement connues que cette je ne sais quelle partie de moi-même qui ne tombe point sous l'imagination : quoiqu'en effet ce soit une