Lorsque les ministres sont accusés de ne pas respecter la loi dans le cadre de leurs fonctions, ils sont jugés par une institution particulière, la Cour de Justice de la République. Cette institution, composée de quinze juges (douze parlementaires, l’Assemblée et le Sénat en élisent six chacun, et trois magistrats provenant de la cour de cassation), fait débat. En effet les juges peuvent être du même parti politique que l’accusé, ils peuvent donc se connaitre, ils peuvent avoir travaillé ensemble et peuvent même être ami. (On remarquera que dans les tribunaux traditionnels, les jurés peuvent être exemptés s’ils connaissent le prévenu.) C’est pourquoi il existe des doutes sur l’impartialité de cette institution.
Cependant la Cour de Justice de la République dispose de certains avantages. En premier lieu, les députés connaissent le fonctionnement de l’Etat, ils sont donc plus apte a juger la fonction de ministre. De plus, dorénavant n’importe quel citoyen lambda pourra porter plainte contre un ministre alors qu’auparavant seul le Parlement, à l’aide de la Haute Cour de Justice pouvait inculpé les ministres. Il y aurait donc une juridiction plus performante. Ceci pourrait entrainer la baisse des conduites inappropriées du corps ministérielles, du fait de la peur de la sanction pénale. La Cour de Justice de la République pourrait donc limiter les tentatives des ministres de transgresser la loi.
Pourtant cette institution dérange au point qu’on entende parler d’une « possible suppression ». Cela s’explique principalement par les doutes concernant les jugements. En effet la sentence, ou plutôt la non sentence lors de plusieurs affaires soulève quelques doutes. L’un des exemples est l’affaire « du sang contaminé », où monsieur Fabius, monsieur Hervé et madame Dufoix, s’en sortirent indemnes. Et lorsque que condamnation il y a, celle-ci est atténué. C’est le cas dans l’affaire de la Sofremi pour Charles Pasqua (il est condamné à un an de prison avec sursis alors que