La matière fécale constitue un engrais naturel traditionnel (voir les champs d'épandage). En France dans le Languedoc, avant la généralisation de l'eau courante dans les campagnes au milieu des années 1950, il était courant d'aller se soulager dans les vignes, et l'effet fertilisateur à long terme de cette pratique y était largement connu. Cette pratique est néanmoins déconseillée à cause des risques causés par certains parasites intestinaux, en particulier des coliformes fécaux.

Les toilettes sèches consistent en de la sciure qui est déposée avant et après l'utilisation des toilettes. Ceci suffit à absorber les odeurs. Le réceptacle contenant les fèces, amovible, permet de les utiliser pour le jardinage ou la combustion. Le compostage permet ensuite de fortement diminuer le nombre d'organismes pathogènes et de produire un fertilisant du sol.

Avant l'utilisation massif d'engrais chimiques, avant 1920, et surtout avant 1945, la matière fécale humaine servait d'engrais naturel pour les cultures. Vu que les centrales d'épuration n'existaient pas, les grandes villes et villes moyennes ne pouvaient traiter ces déchets organiques, envahissants, avec les mauvaises odeurs qui allaient avec, qui de plus, posaient des problèmes de santé publique, surtout pour les villes non desservies par un fleuve, ou une rivière. Les excréments avaient des lieux de stockages en divers lieux isolés des habitations, et des rotations de charrettes arrivaient une ou plusieurs fois par semaines, conduites par des paysans de la campagne environnante. Les grandes villes étaient des lieux avec des odeurs pestilentielles, assez décrites par les chroniqueurs de l'époque. Aux excréments humains, s'ajoutaient les excréments des porcs (lisier) qui étaient nombreux dans les grandes villes, ainsi que ceux des autres animaux traditionnels de la ferme, qui étaient les chèvres, les vaches, les moutons, etc. Avec les grandes pestes du Moyen-âge, des lieux en dehors des villes ou villages sont souvent