Après des études au lycée de Draguignan, puis en khâgne aux lycées Thiers et Henri-IV1, où il côtoie notamment le futur Julien Gracq et où il est fortement marqué par l'enseignement du philosophe Alain, Henri Michel est reçu à l'agrégation d'histoire et géographie (1932) et nommé professeur au lycée de Toulon, où il donne le goût de l'histoire à Jacques Le Goff. Il a également eu pour élèves Pierre Moustiers et Jean Le Poulain.
Socialiste, il collabore au Populaire du Var, où il publie notamment, en 1936, le récit d'un voyage en U.R.S.S.. Puis, sous l'Occupation nazie, il participe activement à la Résistance en Provence, collabore à la presse clandestine et représente le parti socialiste S.F.I.O au comité de coordination. À la Libération, il fait partie du comité départemental de Libération du Var, où il est chargé de la commission presse. En 1945, il publie chez Grasset un roman-témoignage teinté d'amertume, Quatre années dures, inspiré par son expérience de la Résistance et de l'Occupation. Après avoir participé à la réorganisation des institutions dans le Var et assumé pendant deux ans la charge d'inspecteur d'académie du Var, il « monte » à Paris en 1947, pour y développer l'étude de la toute récente guerre mondiale et préserver la mémoire de la Résistance. Novateur, il se voue ainsi à l'histoire immédiate, à un moment où les archives officielles étaient encore inaccessibles aux chercheurs, ce qui n'a pas toujours été bien perçu par des historiens habitués à travailler sur des époques plus anciennes.
En janvier 1948, il devient secrétaire général de la Commission d’Histoire de l’Occupation et de la Libération de la France, qui fusionne avec le Comité d’Histoire de la Guerre, créé en juin 1945, pour donner naissance au Comité d'histoire de la Seconde Guerre mondiale, organisme interministériel rattaché à la présidence du Conseil en décembre 1951 et dont il devient le secrétaire général. Henri Michel fonde aussi la Revue d'Histoire de la Seconde Guerre