Magellan fut issu d'une humble noblesse portugaise et orienté très jeune vers la carrière des armes. Il étudia aussi la navigation et travailla au département de la Marine à Lisbonne. Dès 1505, on peut le situer dans les Indes orientales. Probablement parti avec la flotte d'Almeida en tant qu'officier. Sous les ordres d'Alburquerque, Magellan participa au bombardement d'Ormuz et peut-etre aussi un peu auparavant à la bataille de Diu gagnée contre un flotte egypto-vénitienne. Après avoir fait un peu de commerce avec son propre argent, il décida de revenir au Portugal pour finir tranquillement ses vieux jours. Mais le navire s'échoua au passage du cap Bonne Espérance et coula avec toutes ses richesses. Magellan, sauf mais ruiné, fut ramené par un navire aux Indes. En 1511, il participa au bombardement de Mallaca, toujours sous les ordres d'Alburquerque. Les portugais avaient alors les moyens d'atteindre directement les fabuleuses îles aux épices. Un ami de Magellan, Serrao, s'y rendit avec difficultés, et de là transmit régulièrement à son ami des informations sur la navigation dans les îles. Magellan ne put le rejoindre. Il retourna au Portugal en 1513.

Du Portugal, il partit guerroyer au Maroc. Une sombre histoire de corruption salit son nom. Il plaida plusieurs fois devant le roi Manuel sans succès. Après cet échec, il renia sa citoyenneté et partit à Séville (1517) offrir ses services à Charles I de Castille et d'Aragon (Charles Quint). Il se maria avec la fille de Diogo Barbosa, un transfuge du Portugal, comme lui, lassé de l'ingratitude du roi.

Ce fut vers cette période qu'il entendit parler de la découverte de Balboa et qu'il songea aussitôt que les îles aux épices de son ami Serrao ne devaient pas être très loin à l'ouest du continent américain, sous-estimant grandement ainsi la taille de l'océan Pacifique. Il avait de plus un argument politique en faveur de l'Espagne. Les îles, d'après ses calculs, se trouvaient du côté espagnol de la fameuse ligne