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Par ailleurs, il est important de signaler que L'Encyclopédie signe l'apparition des sciences humaines. Il s'agit aussi — et c'est sur cet aspect que notre histoire, et notre compréhension du XVIIIe siècle comme siècle révolutionnaire, insiste surtout — d'une arme polémique qui remit en cause de nombreuses choses du XVIIIe siècle. Sans entrer dans le détail, L'Encyclopédie questionne la religion le rapport de l'homme au monde, elle remet en balance l'idée d'une chute du jardin d'Eden et d'une décadence de l'homme, pour affirmer la nécessité de faire une somme pratique et ordonnée des savoirs qui vont toujours s'accumulant. L'Encyclopédie critique plus particulièrement le système social de l'époque (société d'Ancien Régime), les institutions, les inégalités entre les hommes, l'autorité royale de droit divin, la monarchie absolue. Elle entre aussi, si l'on considère l'ambition du texte (savoir universel pour l'ensemble des hommes) et son tirage, en compétition avec la Bible.
Pour les auteurs de L'Encyclopédie, la pensée était alors vue comme une liberté. La référence à un terme spécifique était souvent un outil pour faire passer une pensée personnelle de l'auteur en créant un lien entre les passages d'un