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La tension entre Malik El-Shabazz et Nation of Islam ne cesse alors de croître. Le 14 février 1965, sa maison fait l'objet d'un attentat à la bombe.
Deux mois avant son assassinat, Louis Farrakhan a écrit « un tel homme est digne de mourir » [51].
Le 21 février 1965, Malcolm X prononce un discours dans le quartier de Harlem, à New York, devant un auditoire de quatre-cents personnes, dont son épouse et ses enfants. Le discours commence à peine lorsqu'une dispute éclate dans la foule, un homme en accuse un autre d'avoir les mains dans ses poches. Malcolm X, au micro, les appelle au calme lorsqu'un membre des Black Muslims s'avance vers lui avec un fusil à canon scié ; touché au ventre, Malcolm X tombe en arrière, tandis que deux autres personnes lui tirent seize fois dessus avec des revolvers. Malcolm X est emmené à l'hôpital le plus proche, mais les policiers empêchent son hospitalisation[réf. nécessaire]. Le temps de le transporter vers un second hôpital lui est fatal. L'identité des commanditaires reste inconnue, bien que les soupçons se portent principalement sur Nation of Islam, infiltrée par plusieurs agents du FBI lorsqu'ils ont appris l'existence d'un projet d'assassinat de Malcolm X[réf. nécessaire].
Trois membres de Nation of Islam seront reconnus coupables en 1966 : Norman 3X Butler, Thomas 15X Johnson et Talmadge Hayer. L'organisation elle-même niera toute participation à l'assassinat. « Betty Shabazz [l'épouse de Malcolm X], qui est morte en 1997, a publiquement accusé Farrakhan d'un rôle dans le meurtre »[51]. Celui-ci a admis au début 2007 : « j'ai pu être complice en paroles », tout en niant une implication directe de l'organisation[51]. En 1994, Qubilah Shabazz, une des filles de Malcolm X, est arrêtée et inculpée pour avoir payé un tueur à gage chargé de tuer Farrakhan, accusation abandonnée en 1995[52]. Il a également été envisagé que le FBI ait eu connaissance du projet d'assassinat et l'ait couvert, voire aidé. Cette