Mary Shelley s'était enfuie en 1814 de chez son père, le philosophe anarchiste William Godwin, à l'âge de 16 ans, avec un ami de celui-ci, le poète et libertin Percy Bysshe Shelley.
L'idée du roman date de 1816. John William Polidori et Lord Byron résidaient à la Villa Diodati à Cologny près de Genève sur le bord du lac Léman et reçurent la visite de Shelley, Mary et sa demi-sœur Claire Clairmont. Etant retenus à l'intérieur par la pluie incessante de l'année sans été (qu'il a décrite dans le poème Darkness), Byron proposa à ses hôtes d'écrire chacun une histoire de fantôme. Chacun s'acquitta plus ou moins de sa tâche, Byron écrivit un scénario fragmentaire dont Polidori s'inspira pour écrire « en deux ou trois matinées » The Vampyre, le roman qui est à l'origine du genre et qui inspirera Dracula. Percy Bysshe Shelley écrivit une historiette dont il se désintéressa rapidement et qui n'a pas été conservée.
Mary, quant à elle, se trouva incapable d'en inventer une. Mais quelques jours après, entre le 10 et le 16 juin 1816, sous l'influence de la lecture des Fantasmagoriana (dans leur version française), du Vathek de William Beckford et d'une bonne dose d' opium, elle fit un cauchemar où elle eut la vision de « l'étudiant pâle penché sur la chose qu'il avait animée ».
Le 10 décembre 1816, Harriet, l'épouse de Shelley, enceinte, se suicida après que celui-ci lui eut proposé de vivre en ménage à trois. Le 30 décembre Shelley et Mary se marièrent, et Godwin accepta de revoir sa fille. Mary, sous ce nouveau nom de Shelley, termina Frankenstein au printemps 1817. Elle le fit publier anonymement l'année